目前税务机关常常对“物流企业”这一概念产生疑问，希望能够提出一个具体的标准。综合物流是一个新兴的复合性产业，涉及运输、仓储、货代、联运、制造、贸易、信息等行业，我们认为可以将信息化程度作为物流企业的判断标准，现代物流越来越呈现信息化、网络化、自动化、智能化、标准化的发展趋势，物流企业只有充分利用现代信息技术，完成现实物流、资金流和信息流的有机统一，才能从根本上提高物流效率、降低物流成本、满足客户需求。将企业信息化程度作为判断标准，不仅准确、直观、便于计量，更有利于物流行业的规范和发展，能推动物流企业做强做大，培育出与国际物流公司竞争的能力。
虽然现在的物流税收政策在避免仓储业重复纳税方面有所突破，但由于仓储外包收入占物流企业收入总额的比重较小，建议能在企业所得税和营业税方面有所突破，具体如下：
关于合并纳税
目前国内物流企业的主要竞争对手是国外的大型物流公司，例如：UPS、FedEx、DHL等公司，这些公司不但实力雄厚，而且在税收上也比国内企业享有更多的优惠：根据外商投资企业所得税法，外资企业的分公司可以在全国范围内合并纳税，但内资企业却无法享受这一政策。2006年3月18日国家税务总局发布的《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》旨在通过允许物流企业合并纳税，增强现代物流企业的竞争力，但由于该通知将物流企业的合并范围局限在省一级的范围内，同时对参加合并纳税的机构提出不能设立银行结算账户的限定，使得该通知并未达到上述目的，详情如下：
1. 合并纳税物流企业的申请范围限定为同一省、自治区、直辖市，不符合物流行业的发展要求。
物流业是一个复合性产业，涉及运输、仓储、贷代等多个行业，物流企业需要网络化运营、以规模来取得效益，大型的物流企业要参与国际化水平的竞争，首先要能在全国各地设立一些分支机构。这种完全按照行政区划实施纳税征管的规定，不利于物流企业按产品线跨省整合业务，不符合物流企业的发展规律。二十世纪九十年代以来，随着国家物流市场对外开放的不断扩大，国外的大型物流企业越来越多地进入国内市场，物流行业的竞争日趋激烈，我们认为国家税务总局应该允许国内物流企业跨省进行合并纳税。这一政策的出台将会推动国内物流企业实现利润中心和成本中心相分离，提升专业化水平，从而提高国内物流企业集团的管理能力。
2. 跨区域机构不能设立银行结算账户的规定不符合客观实际。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，从事生产、经营的纳税人办理税务登记需要在银行或者其他金融机构开立基本存款账户和其他存款账户，如果企业不设银行结算账户，就不能办理税务登记证，也就不存在缴纳所得税的问题，更谈不上合并纳税。所以，规定参加合并纳税的物流企业不设银行结算账户使得物流企业的合并纳税政策无法执行。
对于信息化水平高、管控能力强、符合物流业合并纳税政策鼓励条件的国内物流企业，应该允许他们的跨区域机构进行合并纳税。
关于营业税
目前物流企业在营业税方面面临的主要问题有三个：一是物流业重复纳税情况严重，二是物流各业务环节税负水平不统一，税负水平偏高，三是运输发票自开票资质的认定标准不尽合理。详情如下：
1. 物流业各环节应按各自实际取得的收入作为缴税依据。
按照现行税法规定，运输、仓储等业务的计税收入只能扣除业务外包部分，而对于业务本身需要支付给其他物流环节的费用不允许抵扣，从而形成重复纳税。例如仓储企业在存储大型货物时，常常需要雇佣专业的人员、设备搬运货物，形成装卸费用。根据现行税法，装卸企业也要就取得的装卸收入缴纳营业税，同时仓储企业要就向客户收到的全部仓储收入缴纳营业税，不能抵扣装卸费，形成了重复纳税。我们认为，税务部门应明确抵扣范围，允许物流企业差额纳税，使物流企业各环节按各自实际取得的收入作为缴税依据，鼓励物流业向专业化发展。
2. 物流业各环节应统一适用3%的营业税税率。
现行营业税法规定，运输、装卸、搬运的营业税税率是3%，仓储、配送、代理的营业税税率5%，各环节税负不统一，目前仓储、配送和代理业的利润率很低，例如仓储企业的税前利润率一般是2%，远低于其他行业。建议物流业统一按3%的税率缴纳营业税，减轻物流企业的负担，给物流企业更大的发展空间。在物流业成立营业税适用税目以前，建议可以先让物流试点企业适用3%的税率。目前国家税务总局采取公布试点物流企业名单的方式推动物流业营业税的改革，我们认为这是一项非常好的举措，可以让试点物流企业先实行3%的营业税税率政策，对于试点物流企业实际税负超3%的部分先征后返。
3. 希望能放宽运输发票自开票资质的认定标准。
按照现行税法规定，只有运输发票能够抵扣增值税，而各地对于运输发票的开票资质有不同的限定，一些地区要求企业必须有10台以上大车才能开具运输发票。由于大型物流集团的子公司遍布全国各个省、市和地区，企业会根据市场情况确定需要购车辆的数量，例如有的企业虽然只有一台车，但公司可以通过向市场采购运力达到目的，这即能满足客户的需求，又能节约社会资源。很多物流企业由于无法达到税务局要求的运输发票开票资质，虽然给客户提供的是运输业务，也只能提供代理业发票，严重影响了企业业务的发展。希望能放宽运输发票开票资质的认定标准，或者扩大抵扣增值税的营业税发票范围，以业务的实质作为能否抵扣增值税的依据。
目前的物流业税收政策对物流企业的扶持力度还远远不够，尤其是有关物流业所得税合并纳税的政策规定无法操作，使得物流企业无法进一步整合资源，希望国家能够出台新的物流行业优惠政策，促进中国物流业的发展。