物流业和谐发展，不仅仅要物流企业和谐共赢，还要行业组织、咨询机构、装备企业、人才培训等关联行业的匹配和支撑。不过，近年纷纷涌现的物流行业组织似乎鱼龙混杂，给物流业发展带来不和谐声音。某些物流业的主管部门在利益驱动下，发挥行政执法优势组建行业协会，强行吸纳会员收取会费。一些地方交通部门组建的道路运输协会下还下辖货运协会、危险货运协会、汽车维修协会、出租车协会等4个分支机构。凡运输业从业人员和企业都要入会，1个“母协会”和4个“子协会”分别收取个人会员40元，企业会员2000-5000元的会费，而且都通过交警季检、年检硬行收费。没有交通部门或协会的收费章，交警不予季检或年检。稍微大点的运输企业仅缴纳各种协会会费就达8万-10万元之多，严重增加了企业负担。对于被看做行业娘家的行业组织，人们不禁要问，仅凭行业主管部门的特殊身份，挂行业组织之名，做侵害企业利益之事，如此组织还能走多远？对另外一些非法行业组织，上海、广州等地开展了颇有成效的整顿，这值得推广。
    作为服务支撑体系一部分的咨询服务机构也是物流业发展的短板。目前，国内物流法律服务机构、咨询机构与我国物流业的发展并不匹配。物流业虽交叉在商贸流通、运输等领域，但其法律服务及咨询服务却需要有专业的知识，目前很多人懂法却不懂物流。
    谈及物流管理软件，富基旋风有限公司董事长兼CEO颜艳春似乎已没有当初的激情，冷静中有一些无奈：“目前，物流软件供应商与流通、物流企业发展不是很合拍，一方面，国内多数流通企业、物流企业仍以电话、传真等传统的沟通模式，部门与部门，总部与分部之间的信息难以共享，物流与信息流难以合拍。另一方面，国内物流软件商很多复制国外技术，一些技术也令客户难以适应。彼此陷入合作孤岛。在如何进行更好合作上，双方欠缺了解和沟通。”
    物流企业如何与信息化装备企业合作，建立现代化的信息流、物流、资金流一体化的现代物流企业还是一条值得探索的路。